Magyarország alaptörvénye szigorúan tiltja a genetikailag módosított növénykultúrák termesztését. Az EU-s szabályozás szerint azonban, ha egy adott GMO-t tartalmazó élelmiszert az unióban engedélyeztek élelmiszercélú felhasználásra, akkor azt - az áruk szabad áramlása miatt - forgalomba lehet hozni az EU területén, így Magyarországon is. Ezeknél a termékeknél a GMO jelenlétére utalni kell. Ilyen élelmiszereket azonban kereslet hiányában elvétve találni csak az üzletekben.

Az uniós szabályozás szerint ugyanakkor nem jelölésköteles, ha a termékbe véletlenszerűen vagy technikailag elkerülhetetlen módon került GMO és az nem haladja meg a 0,9%-ot. Emellett azt sem kell jelölni, ha a húst, halat, tejet, tojást adó állatot GMO-s takarmánnyal etették.

A GMO-mentes élelmiszerek jelöléséről viszont nincs egységes EU-s szabály, így Ausztria, Németország, Franciaország és Olaszország után Magyarország is kidolgozta saját jelölési rendszerét. Az új rendelet lehetővé teszi, hogy külön jelölést kapjon

- a GMO-mentes élelmiszer, takarmány,
- az ezekből készült egyes összetett termékek,
- a GMO-mentes takarmánnyal etetett állatoktól származó hús, hal, tojás, tej,
- a GMO-mentes méz.

Egy szarvasmarha húsánál például akkor használható a "GMO-mentes termelésből, a hús GMO-mentes takarmánnyal etetett állattól származik" jelölés, ha az állat levágását megelőző legalább egy éven át nem kapott GMO-s takarmányt. A GMO-mentes jelöléssel ellátott növényi eredetű élelmiszer, illetve takarmány pedig legfeljebb csak 0,1%-ban tartalmazhat véletlenszerűen vagy technikailag elkerülhetetlen módon belekerült GMO-t.

Nem jelölhető viszont mentesként az olyan növényi eredetű élelmiszer, amelynek nincs forgalomban GMO engedéllyel rendelkező változata. Nem érdemes tehát GMO mentes almát keresni a piacon, hisz minden alma GMO-mentes.

A jelölés használatához a termék előállítójának biztosítania és igazolnia kell, hogy az összetevők nem tartalmaznak GMO-t. Állati eredetű termékeknél azt is, hogy az állatok GMO-mentes etetése az élelmiszerláncban nyomonkövethető.

A jelölés nem sugallhatja, hogy a termék különleges érzékszervi vagy táplálkozási jellemzőkkel rendelkezik. Továbbá azt sem, hogy az egészségre vagy a környezetre gyakorolt hatása kedvezőbb, mint azoknak a termékeknek, amelyeken nem szerepel a GMO-mentes jelölés.

Fontos, hogy a jelölés használata önkéntes, lehetőség és nem kötelezettség a vállalkozások számára. A Nébih információi szerint számos vállalkozás felkészült a változásra és tervezi a GMO-mentes élelmiszerek és takarmányok előállítását.