Az Európai Unió döntése értelmében a tagállamoknak meg kell felelniük a Víz Keretirányelv előírásainak, miszerint a vízszolgáltatásoknál figyelembe kell venni a költség-visszatérülés elvét, és díjat kell megállapítani a különböző használók felé. Emiatt Magyarországon meg kellett szüntetni a 2006. január 1. óta életben lévő vízkészletjárulék-fizetési mentességet az öntözési, rizstermelési és halgazdasági vízhasználat esetén.
Egy kormányhatározat alapján a felhasznált vízmennyiséggel arányos díjakat 2016. július 1-től kellett volna bevezetni a hatékony, ösztönző jellegű víz-árpolitika kialakításának, valamint a környezeti- és erőforrásköltségek megtérülésének érdekében. Ugyanakkor a Nemzeti Agrárgazdasági Kamara közbenjárására a vízkészletjárulék-fizetés határidejét sikerült 2016. július 1-ről október 1-re módosítani, az öntözés esetében ezzel egy további díjmentes évet nyerve. Ezen felül a díjmentes vízkontingenshatárokat sikerült az EU tagállamain belül a legmagasabbra emelni. Ez azt jelenti, hogy az öntözés esetében 50 000 köbméter/évet, halgazdálkodásnál és rizstermelésnél 150 000 köbméter/évet meg nem haladó vízhasználat esetében nem kell vízkészletjárulékot fizetni. Valamint a vízkészletjárulék-fizetési mentesség továbbra is fennmarad a tartósan vízhiányos időszakban, illetve a többletvizek visszatartásából és tározásából származó vízkészletek után.
A díjmentes kontingenshatárok és mentesség felett azonban vízkészletjárulékot kell fizetni. A vízkészletjárulék számításához használt képlet szorzója a vízhasználat fajtájától (ivó, öntözés, fürdő, energetika, halgazdálkodás stb.), a vízkészlet jellegétől (felszíni, felszín alatti) és a vízkészlet minősítésétől függ. A Nemzeti Agrárgazdasági Kamara közbenjárására ezen szorzót sikerült a jogalkotó által korábban tervezett, 2005-ben érvényes értékhez képest 10-20 százalékkal csökkenteni.
A vízkészletjárulék-fizetés feltételeinek, valamint számítási metódusának megismeréséhez segítséget nyújt a NAK és Belügyminisztérium együttműködése alapján az Országos Katasztrófavédelmi Főigazgatóság által elkészített, a vízkészletjárulék számításának 2017. évi változásairól szóló hatósági tájékoztató.
