A Magyar Agrárkamara Átmeneti Elnöksége által elfogadott és Dr. Fazekas Sándor vidékfejlesztési miniszter által jóváhagyott választási szabályzat értelmében a szavazás listás rendszerben történt, azaz a megyei küldöttjelölteket tartalmazó listákra lehetett szavazni. Jelöltlista állítására az országos ágazati érdekképviseleti szervezetek és azok országos szövetségei voltak jogosultak 2013. január 21-ig.

A megadott határidőig a Magyar Gazdakörök és Gazdaszövetkezetek Országos Szövetsége (MAGOSZ) és 11, a mezőgazdaság, az élelmiszeripar, az erdőgazdálkodás és a vidékfejlesztés területén meghatározó érdekképviselet és szakmai szövetség állított közös listát. Ezzel régóta várt összefogás valósult meg a magyar agráriumban, hiszen a listán szereplő szervezetek a teljes élelmiszerláncot átfogják, így biztosítható az új kamarában összefogott különböző ágazatok érdekeinek arányos képviselete.

A megyei küldöttválasztásokat február 1-15. között, megyénként több helyszínen és időpontban, közjegyző jelenlétében tartották meg. Február 21-én minden megyében pótszavazásra került sor, ezeken már csak a választási névjegyzékre pótlólag (fellebbezés után) felkerültek voksolhattak.

Az agrárkamarai választói névjegyzékre 197 617-en kerültek fel, ők voltak jogosultak szavazni a megyei küldöttválasztó közgyűléseken. Közülük összesen 14 565 leendő tag járult az urnákhoz, az érvénytelen szavazatok aránya nem érte el a 7 %-ot. Az agrárkamarai választásokon tehát minden eddiginél többen vettek részt, a szavazók száma meghaladta a korábbi agrárkamara teljes taglétszámát. Az előző, 2008-ban lezajlott választáshoz képest több tízszeres volt a részvétel.

A választási folyamat következő lépése a március 9-i megyei alakuló küldöttgyűlések megtartása lesz, ahol a most mandátumot kapott megyei küldöttek megválasztják a megyei tisztségviselőket, köztük a megyei elnököt és azt a 15 országos küldöttet, akik az országos küldöttgyűlésen képviselik a megyét. Az országos küldöttgyűlés március 28-án tartja majd alakuló ülését a Parlament felsőházi termében, ahol az alapszabály elfogadásával hivatalosan is létrejön az új Magyar Agrár-, Élelmiszergazdasági és Vidékfejlesztési Kamara.