Kizárólag az MVH-n kívül álló okok - például birtokjogi viták, peres ügyek vagy jogutódlási kérdések - miatt nem történt meg a támogatások kifizetése, de ennek mértéke az összes támogatás 2 százalékát sem éri el - reagált a kifizetések körüli vitákra az MVH. A hivatal közleménye szerint minden olyan gazda, aki az Európai Unió és a Földművelésügyi Minisztérium által előírt jogszabályi feltételeknek egyértelműen megfelelt - tehát jogosult volt a 2015-ös közvetlen agrártámogatásokra - már megkapta támogatását.
Az MVH kizárólag az ellenőrzéseknél felmerült jogi problémák elhárítása után fizetheti ki a gazdáknak az agrártámogatásokat. Amely gazdálkodónál ez lehetővé válik, ott azonnal megszületik a végleges döntés és kiutalják a támogatást a gazdálkodó számára - áll a közleményben.
Több más tagállam kifizető ügynökségeinél az új támogatási rendszer bevezetési nehézségei és többletfeladatai miatt az Európai Bizottság lehetőséget teremtett arra, hogy 2016. június 30. helyett október 15-ig lehessen kifizetni a 2015-ös közvetlen agrártámogatásokat. A Mezőgazdasági és Vidékfejlesztési Hivatal nem élt ezzel a lehetőséggel, hanem korábban kifizette a támogatásokat, ezzel is megteremtve a lehetőséget arra, hogy 2016. október 16-ától az idei támogatásokból előleget fizethessen a termelőknek.
