Egyetlen probléma, hogy a szintetikus hatóanyagok számának csökkenésével a biopeszticidek nem tudnak lépést tartani, sőt az engedélyezésük is több szempontból akadályozott. Emiatt csökkennek a védekezési lehetőségek, és egyre kevesebb a felhasználható hatóanyag. A túlhasználat következményeként pedig egyre több károsító válik rezisztenssé, ami jelentősen megnehezíti a termelést. A rezisztenciatörésben a biopeszticidek is szerepet játszanak, ami tovább növeli jelentőségüket - írja a NAK. A biopeszticidek engedélyeztetése egy hosszú, 5-10 évig tartó folyamat, ami az EU kívüli területeken többnyire 2-3 éves regisztrációs időt jelent. Ez megnehezíti a fejlesztést és befolyásolja a befektetési hajlandóságot is.
A folyamat tőkeigénye magas, ami az eljárás elhúzódásával tovább növekedhet. A finanszírozási problémát tovább nehezíti, hogy a szegmens többnyire kis- és közepes vállalatokból épül fel, akik nem rendelkeznek elegendő tőkével. Ugyan két rendelet (1107/200/EK és 1007/2009/EK) szabályozza az elhúzódó hatósági munkák korlátozását és a biológiai megoldások gyorsabb engedélyeztetését, de számos kritérium és vizsgálat miatt még mindig túl hosszú az engedélyeztetési eljárás. Sok esetben a fejlesztők nem tudják emiatt az EU területén engedélyeztetni, majd piacra vezetni a terméküket, ezért más célországot választanak. Ezáltal az európai gazdálkodók hátrányba kerülnek a biopeszticidek hozzáférhetősége tekintetében.
A klímaváltozással a károsító együttesek és a kártevők életmódja is módosul. Egyes fajok szerepe jelentősen növekedik a korábbi évek, évtizedek tapasztalataihoz viszonyítva. Azonban nem szabad elfelejtenünk, hogy korábban is voltak kihívások a növényvédelemben, elég csak a burgonya fitoftórás betegségére vagy a filoxérára gondolnunk. Napjainkban is időben fel kell készülni a károsítók megjelenésére, amivel mérsékelhetjük az általuk előidézett veszteséget. További problémát jelentenek az extrém időjárási viszonyok, amik a növények számára jelentős stresszt okoznak. Ezek minimalizálása kiemelten fontos, mivel a legyengült növények sokkal fogékonyabbak a károsítókra. Mindezek következtében egyre fontosabbá válik a rutinszerű módszerek mellőzése és a konkrét növény igényeinek testreszabott kielégítése a megfelelő időben történő beavatkozással. Természetesen a növény fenológiáját is figyelembe kell venni, ami a korábbi évtizedek gyakorlataihoz viszonyítva szintén jelentősen módosult.
Ezekhez a megváltozott, nehéz körülményekhez a gyártók is igyekeznek alkalmazkodni. Új, innovatív, biológiai megoldások fejlesztésére törekednek, melyek hozzájárulhatnak az eredményes termeléshez. Azonban ehhez lényegesen több időre van szükség. A gyártók számítanak a szabályozási környezet változására, mely az engedélyeztetés egyszerűsítése mellett harmonizálja és optimalizálja az előírásokat. Ezzel jelentősen javulhat az elérhető biopeszticidek száma. Emellett a gazdálkodók részvételét és informatív támogatását is nélkülözhetetlennek tartják a hatékony, igényeket feltáró párbeszéd kialakításában.