Magyarország 2007-ben 5 évre kérte és kapta meg Brüsszeltől az etanolra vonatkozó adókedvezmény alkalmazásának lehetőségét, mely ez év végén érvényét veszti. A meghosszabbítás lehetősége adott, ám egyelőre kétséges, hogy élni fog-e ezzel a lehetőséggel. Iparági információk szerint megoldás kulcsa Dr. Balog Ádám adóügyekért felelős helyettes államtitkár kezében van, az általa vezetett főosztálynak kellene hivatalosan fenntartani hazánk mozgásterét a zöld üzemanyag adóztatásának kérdésében. A Magyar Bioetanol Szövetség, és több iparági szereplő is egyeztetéseket folytatva sürgeti a lépés megtételét, azonban érdemi előrelépés hónapok óta nem történt az ügyben.
A jövedéki adó mentesség megszüntetésével, majd drasztikus emelésével már amúgy is a szakadék szélésre került a hazai E85 ipar. A literenkénti összesen mintegy 90 forintos adótehernek köszönhetően egész egyszerűen már nem éri meg Magyarországon hozni forgalomba a bioetanolt, a hazánkban működő gyártók szinte kizárólag exportra termelnek. Iparági források szerint ez annak fényében különösen szomorú, hogy jelenleg a bioetanol az egyetlen olyan energiahordozó, amelynek alkalmazásával hazánk teljesíteni tudja a megújuló energiahordozók tekintetében tett vállalásait, vagyis az EU 2009-es megújuló energiahordozók részarányára vonatkozó direktíva előírásait.
Az alternatív üzemanyagok mindegyike (LPG, földgáz-autógáz) részesül jövedéki adó kedvezményben vagy mentességben, ezek közül azonban csak az E85-bioetanol megújuló energiaforrás, nem véletlenül élvez több európai országban teljes adómentességet. Az E85-tel hazánk jelentős mennyiségű kőolaj importot vált ki, miközben munkahelyeket teremt a mezőgazdaságban, az iparban és a közlekedésben. A korábbi adómentességet a kormány az elmúlt év utolsó harmadában, két lépcsőben emelte a jelenlegi mértékre (70 Ft/l). Ezzel a szinttel számítva az E85 jövedéki adója már nem okoz bevételkiesést a költségvetésnek, mert az adó mértéke energiatartalomra számítva nem marad el a benzinétől, gázolajétól. Sőt, a túlzott jövedéki adó miatt energiaegységre vetített árát tekintve a benzin már olcsóbb, mint a zöld üzemanyag, ami piaci verseny szempontjából hátrányos megkülönböztetést jelent. Az etanol alacsonyabb energiatartalmából eredő többletfogyasztás miatt a költségvetésbe befizetett, km-re vetített jövedéki adó a benzin és a gázolaj adójával azonos mértékű.
A bioetanol iparág szereplőinek véleménye szerint a 2020-as megújuló üzemanyag célt hazánk az E85 nélkül nem lesz képes teljesíteni. A piac fenntartásához a literre számítottan kedvezményes adóra szükség van, ezért a jövedéki adókedvezmény fenntartását Brüsszelben mielőbb kezdeményezni szükséges. Az ebben információink szerint eljárni illetékes Balog Ádám adóügyekért felelős helyettes államtitkár titkársága az Agrárszektor.hu megkeresésére reagálva úgy tájékoztatott, a kormány jelenleg vizsgálja, hogy az üzemanyag előállítási költségére, a kérdés mezőgazdasági vonatkozásaira és egyéb szempontokra tekintettel mennyiben indokolt az adókedvezmény megújítása.